El último de los incendios, que arrasó un tercio de la plaza, tuvo lugar en 1790, dirigiendo las labores de extinciónSabatini. Se encargó la reconstrucción a Juan de Villanueva, que rebajó la altura del caserío que rodea la plaza de cinco a tres plantas y cerró las esquinas habilitando grandes arcadas para su acceso. Las obras de reconstrucción se prolongarían hasta 1854, continuándolas, tras la muerte de Villanueva, sus discípulos Antonio López Aguado y Custodio Moreno.
En 1848, se colocó la estatua ecuestre de Felipe III en el centro de la plaza, obra de Juan de Bolonia yPietro Tacca que data de 1616.
En 1880, se restauró la Casa de la Panadería, encargándose Joaquín María de la Vega del proyecto. En1921 se reformó el caserío, trabajo a cargo de Oriol. En 1935 se realizó otra reforma, llevada a cabo porFernando García de Mercadal. Y en los años 60 se acometió una restauración general, que la cerró al tráfico rodado y habilitó un aparcamiento subterráneo bajo la plaza.
La última de las actuaciones en la plaza Mayor, llevada a cabo en 1992, consistió en la decoración mural, obra de Carlos Franco, de la Casa de la Panadería, que representa personajes mitológicos como la diosa Cibeles.
